1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Analiza wpływu na szlaki metaboliczne

Szlaki metaboliczne to kolejny przydatny sposób grupowania genów. W tym ćwiczeniu przeanalizujesz wyniki analizy wzbogacenia szlaków, która bada szczyty (ang. peaks) wyraźniej zaznaczone w próbkach pierwotnego guza. Obiekt enrich_primary zawiera te wyniki – jest to lista złożona z czterech elementów. Najbardziej interesuje cię teraz element results: ramka danych z wynikami wzbogacenia, posortowana według istotności. Zawiera ona identyfikatory i nazwy zestawów genów oraz geny powiązane ze szczytami należącymi do danego zestawu. Geny są tu podawane jako identyfikatory Entrez. Możesz skorzystać z bazy danych pakietu org.Hs.eg.db, aby przeliczać identyfikatory Entrez na symbole genów. Funkcja select() zapewnia wygodny interfejs do wybierania wpisów z kolumny SYMBOL przy użyciu klucza ENTREZID.

Instrukcje

100 XP
  • Przejrzyj najlepsze zestawy genów.
  • Wyodrębnij identyfikatory genów dla zestawu z najwyższą pozycją.
  • Podziel identyfikatory genów na wektor.
  • Przelicz identyfikatory genów na symbole genów.