Filtrowanie odczytów
W tym ćwiczeniu wyczyścisz dane, usuwając odczyty o niskiej jakości wyrównań. Aby to zrobić, musisz wczytać informacje o jakości wyrównań z pliku BAM. Są one przechowywane w polu mapq.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Wczytaj
readswraz z informacjami o jakości wyrównań przypisanych do każdego odczytu. - Zidentyfikuj wszystkie wyrównania o jakości co najmniej 20.
- Utwórz wykres pudełkowy porównujący rozkłady jakości wyrównań między grupą wysokiej i niskiej jakości.
- Usuń wszystkie wyrównania o niskiej jakości.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))
# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___
# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")
# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)