Dopasowanie modelu
Teraz możesz przeprowadzić analizę różnicowego wiązania. Pozwoli ona określić, które spośród pików różnią się istotnie pod względem intensywności między dwoma typami nowotworów. Wiedza o tym, które piki różnią się między grupami, stanowi punkt wyjścia do dalszych analiz mających na celu odkrycie mechanizmów leżących u podstaw tych różnic. Na razie skupmy się na znalezieniu pików wykazujących różnicowe wiązanie. Służy do tego funkcja dba.analyze() z pakietu DiffBind. W poprzednim ćwiczeniu ustaliłeś kontrast dla porównania między typami nowotworów. Korzystając z obiektu zawierającego ten kontrast, wystarczy wywołać dba.analyze(), aby wykonać pozostałe kroki.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Sprawdź obiekt
ar_binding, aby potwierdzić, że zawiera wymagany kontrast. - Uruchom analizę różnicowego wiązania.
- Sprawdź wynik.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)