Piki a tło
Czas porównać rozkład pokrycia dla pików, regionów z czarnej listy i tła. W tym ćwiczeniu przeanalizujesz dane z chromosomu 5.
Zliczenia odczytów w przedziałach dla pików, regionów z czarnej listy i tła są dostępne odpowiednio jako peak_bins, bl_bins i
bkg_bins. Kolumna score zawiera zliczenia odczytów.
Wczytanie wszystkich wymaganych danych i pakietów R może chwilę potrwać. Prosimy o cierpliwość.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Przygotuj zliczenia odczytów do wizualizacji, organizując je w ramkach danych.
- Połącz trzy ramki danych za pomocą
rbind(). - Stwórz wykres pudełkowy zliczeń odczytów według typu przedziału.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()