1. Learn
    2. /
  2. คอร์ส
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

แบบฝึกหัด

Powiązanie szczytów z genami

Już prawie możesz zbadać zależności między szczytami, genami i ich funkcją. Najpierw jednak przyjrzyjmy się bliżej temu, jak położenie szczytów odnosi się do genów. Pakiet chipenrich udostępnia przydatne funkcje graficzne służące właśnie temu celowi. Obiekt peaks zawiera współrzędne szczytów, których używałeś wcześniej. Funkcja plot_dist_to_tss() tworzy wykres rozkładu odległości między położeniami szczytów a miejscem inicjacji transkrypcji (TSS) genów.

Funkcja plot_chipenrich_spline() pozwala ocenić częstość występowania szczytów w zależności od długości genów. Oprócz obserwowanych częstości przedstawia również oczekiwany rozkład dla dokładnego testu Fishera, modelu dwumianowego oraz modelu stosowanego przez funkcję chipenrich().

คำแนะนำ 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Utwórz wykres rozkładu odległości między szczytami a miejscami inicjacji transkrypcji.