Bliższe spojrzenie na ścieżki
W tym ćwiczeniu skonstruujesz adres URL prowadzący do ścieżki zidentyfikowanej przez analizę wzbogacenia, z wyróżnionymi genami posiadającymi piki ChIP-seq. Dzięki temu uzyskasz przegląd tego, jak geny – a dokładniej kodowane przez nie białka – oddziałują ze sobą i z innymi białkami. Z pewnym doświadczeniem można na tej podstawie szybko zasugerować potencjalne mechanizmy wyjaśniające różnice między grupami w badaniu.
Ogólny format tych adresów URL wygląda następująco: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Skonstruujesz adres URL potrzebny do wyświetlenia najlepszej ścieżki z analizy wzbogacenia z wyróżnieniem genów powiązanych z pikami. Obiekty top_path i genes utworzone wcześniej są dostępne w przestrzeni roboczej.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Dodaj identyfikator ścieżki do adresu URL.
- Połącz identyfikatory genów w ścieżce powiązanych z pikami w jeden ciąg znaków, rozdzielając je znakiem
'+'. - Dodaj ciąg znaków z wybranymi genami do adresu URL.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")