1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Bliższe spojrzenie na ścieżki

W tym ćwiczeniu skonstruujesz adres URL prowadzący do ścieżki zidentyfikowanej przez analizę wzbogacenia, z wyróżnionymi genami posiadającymi piki ChIP-seq. Dzięki temu uzyskasz przegląd tego, jak geny – a dokładniej kodowane przez nie białka – oddziałują ze sobą i z innymi białkami. Z pewnym doświadczeniem można na tej podstawie szybko zasugerować potencjalne mechanizmy wyjaśniające różnice między grupami w badaniu.

Ogólny format tych adresów URL wygląda następująco: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>

Skonstruujesz adres URL potrzebny do wyświetlenia najlepszej ścieżki z analizy wzbogacenia z wyróżnieniem genów powiązanych z pikami. Obiekty top_path i genes utworzone wcześniej są dostępne w przestrzeni roboczej.

Instrukcje

100 XP
  • Dodaj identyfikator ścieżki do adresu URL.
  • Połącz identyfikatory genów w ścieżce powiązanych z pikami w jeden ciąg znaków, rozdzielając je znakiem '+'.
  • Dodaj ciąg znaków z wybranymi genami do adresu URL.