Wizualizacja różnic w wiązaniu białek
Zarówno wykres PCA, jak i dendrogram wskazują, że próbki z guzów pierwotnych oraz guzów opornych na leczenie tworzą oddzielne klastry. To zachęcający wynik, jednak niewiele mówi o tym, jak wyglądają te różnice. W tym ćwiczeniu stworzysz mapę cieplną (heatmap), która porównuje intensywność pików między próbkami. Pozwoli to uwydatnić wzorce wiązania białek odróżniające poszczególne grupy próbek.
Zbiór pików, skonsolidowany dla wszystkich próbek, jest dostępny jako peaks. Aby utworzyć mapę cieplną na jego podstawie, musisz wiedzieć,
ile pików znajduje się w zbiorze danych. Szczegóły dotyczące scalonego zbioru pików są dostępne we wpisie merged obiektu peaks.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Wyświetl obiekt
peaks. - Pobierz współrzędne scalonych pików.
- Wyodrębnij liczbę pików obecnych w danych.
- Utwórz mapę cieplną przy użyciu funkcji
dba.plotHeatmap.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)