1. Learn
    2. /
  2. 课程
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

道练习

Wizualizacja różnic w wiązaniu białek

Zarówno wykres PCA, jak i dendrogram wskazują, że próbki z guzów pierwotnych oraz guzów opornych na leczenie tworzą oddzielne klastry. To zachęcający wynik, jednak niewiele mówi o tym, jak wyglądają te różnice. W tym ćwiczeniu stworzysz mapę cieplną (heatmap), która porównuje intensywność pików między próbkami. Pozwoli to uwydatnić wzorce wiązania białek odróżniające poszczególne grupy próbek.

Zbiór pików, skonsolidowany dla wszystkich próbek, jest dostępny jako peaks. Aby utworzyć mapę cieplną na jego podstawie, musisz wiedzieć, ile pików znajduje się w zbiorze danych. Szczegóły dotyczące scalonego zbioru pików są dostępne we wpisie merged obiektu peaks.

说明

100 XP
  • Wyświetl obiekt peaks.
  • Pobierz współrzędne scalonych pików.
  • Wyodrębnij liczbę pików obecnych w danych.
  • Utwórz mapę cieplną przy użyciu funkcji dba.plotHeatmap.