Konfigurowanie modelu
Zanim uruchomisz właściwe porównanie między grupami, musisz wskazać pakietowi DiffBind, jak próbki są do nich przypisane. Najprościej zrobić to, korzystając z jednej z predefiniowanych kategorii, które DiffBind przypisuje do próbek. Obejmują one najczęściej używane grupowania, takie jak warunek (ang. condition) lub tkanka (ang. tissue) powiązana z każdą próbką. Odpowiednią kategorię możesz wskazać za pomocą argumentu categories, używając stałych takich jak DBA_CONDITION czy DBA_TISSUE. Pełna lista dostępnych stałych znajduje się na stronie pomocy funkcji dba.contrast().
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Sprawdź obiekt
ar_binding. - Zidentyfikuj kategorię odpowiadającą warunkom Primary Tumor (primary) i Treatment Resistant (TURP).
- Zdefiniuj kontrast, aby porównać oba typy guza.
- Sprawdź obiekt
dba_peaks, aby potwierdzić, że kontrast został dodany.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)