1. Learn
    2. /
  2. 课程
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

道练习

Konfigurowanie modelu

Zanim uruchomisz właściwe porównanie między grupami, musisz wskazać pakietowi DiffBind, jak próbki są do nich przypisane. Najprościej zrobić to, korzystając z jednej z predefiniowanych kategorii, które DiffBind przypisuje do próbek. Obejmują one najczęściej używane grupowania, takie jak warunek (ang. condition) lub tkanka (ang. tissue) powiązana z każdą próbką. Odpowiednią kategorię możesz wskazać za pomocą argumentu categories, używając stałych takich jak DBA_CONDITION czy DBA_TISSUE. Pełna lista dostępnych stałych znajduje się na stronie pomocy funkcji dba.contrast().

说明

100 XP
  • Sprawdź obiekt ar_binding.
  • Zidentyfikuj kategorię odpowiadającą warunkom Primary Tumor (primary) i Treatment Resistant (TURP).
  • Zdefiniuj kontrast, aby porównać oba typy guza.
  • Sprawdź obiekt dba_peaks, aby potwierdzić, że kontrast został dodany.