Wywołania szczytów
Odczyty są rozmieszczone w całym genomie, jednak miejsca związane przez białko będące przedmiotem zainteresowania przyciągają wiele nakładających się odczytów, co prowadzi do powstawania szczytów pokrycia. Szczyty te są zazwyczaj zapisywane wraz z ich współrzędnymi genomowymi oraz wynikiem (ang. score) określającym siłę zaobserwowanego sygnału.
Zestaw wywołań szczytów został już wczytany do R. Wywołania szczytów są przechowywane w obiekcie GenomicRanges o nazwie peaks. Oprócz standardowych funkcji służących do dostępu do zawartości obiektów GenomicRanges, dostępne są dwie funkcje pomocnicze dedykowane wywołaniom szczytów. Funkcja chrom pozwala uzyskać chromosom, na którym znajduje się dany szczyt, a funkcja score – jego wynik.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Wyświetl podsumowanie obiektu
peaks. - Użyj funkcji
score(), aby znaleźć indeks szczytu z najwyższym wynikiem. - Wyodrębnij współrzędne genomowe szczytu z najwyższym wynikiem, korzystając z funkcji
chrom()iranges().
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___