1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Wywołania szczytów

Odczyty są rozmieszczone w całym genomie, jednak miejsca związane przez białko będące przedmiotem zainteresowania przyciągają wiele nakładających się odczytów, co prowadzi do powstawania szczytów pokrycia. Szczyty te są zazwyczaj zapisywane wraz z ich współrzędnymi genomowymi oraz wynikiem (ang. score) określającym siłę zaobserwowanego sygnału.

Zestaw wywołań szczytów został już wczytany do R. Wywołania szczytów są przechowywane w obiekcie GenomicRanges o nazwie peaks. Oprócz standardowych funkcji służących do dostępu do zawartości obiektów GenomicRanges, dostępne są dwie funkcje pomocnicze dedykowane wywołaniom szczytów. Funkcja chrom pozwala uzyskać chromosom, na którym znajduje się dany szczyt, a funkcja score – jego wynik.

Instrukcje

100 XP
  • Wyświetl podsumowanie obiektu peaks.
  • Użyj funkcji score(), aby znaleźć indeks szczytu z najwyższym wynikiem.
  • Wyodrębnij współrzędne genomowe szczytu z najwyższym wynikiem, korzystając z funkcji chrom() i ranges().