Grupowanie próbek
Kolejnym sposobem na zbadanie podobieństw między próbkami jest hierarchiczne grupowanie. Proces ten składa się z dwóch etapów. Najpierw oblicz odległości między próbkami na podstawie (znormalizowanego pokrycia) szczytów – użyj do tego funkcji dist(). Następnie, korzystając z obliczonych odległości parami, pogrupuj podobne próbki za pomocą hclust(). W wyniku tego powstanie dendrogram, który uchwytuje hierarchiczne zależności między próbkami.
Macierz z odpowiednio znormalizowanymi danymi pokrycia jest dostępna jako obiekt R cover.
To ćwiczenie jest częścią kursu
ChIP-seq z Bioconductor w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Oblicz parami odległości między próbkami za pomocą
dist(). - Użyj
hclust(), aby na podstawie macierzy odległości utworzyć dendrogram. - Narysuj dendrogram.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)