1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. ChIP-seq z Bioconductor w R
Connected

ćwiczenie

Grupowanie próbek

Kolejnym sposobem na zbadanie podobieństw między próbkami jest hierarchiczne grupowanie. Proces ten składa się z dwóch etapów. Najpierw oblicz odległości między próbkami na podstawie (znormalizowanego pokrycia) szczytów – użyj do tego funkcji dist(). Następnie, korzystając z obliczonych odległości parami, pogrupuj podobne próbki za pomocą hclust(). W wyniku tego powstanie dendrogram, który uchwytuje hierarchiczne zależności między próbkami. Macierz z odpowiednio znormalizowanymi danymi pokrycia jest dostępna jako obiekt R cover.

Instrukcje

100 XP
  • Oblicz parami odległości między próbkami za pomocą dist().
  • Użyj hclust(), aby na podstawie macierzy odległości utworzyć dendrogram.
  • Narysuj dendrogram.