Вулкан-плот
Далі ви створите вулкан-плот, щоб візуалізувати рівень диференційної експресії в дослідженні лейкемії. На осі y будуть логарифмічні шанси диференційної експресії, а на осі x — логарифм коефіцієнта зміни (log fold change).
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
У вашому робочому середовищі завантажено об'єкт підгонки моделі з дослідження лейкемії з Розділу 2 — fit2. Пакет limma вже підключено.
Створіть вулкан-плот і підсвітьте на ньому топ-5 генів.
Підпишіть ці топ-5 генів їхніми символами генів, передавши стовпець
symbolз датафреймуfit2$genesдо аргументуnames.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)