Категорії генонтації
У попередній вправі ви перевірили збагачення біологічних шляхів. Тепер ви перевірите збагачення в наборах генів, що впливають на один і той самий біологічний процес, відомих як категорії генонтації (GO). Які категорії GO є надмірно представленими серед генів із диференційованою експресією в дослідженні лейкемії?
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт підганяної моделі з дослідження лейкемії з Розділу 2, fit2, завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma уже підключено.
Витягніть ідентифікатори генів Entrez з датафрейму
fit2$genes.Перевірте збагачені категорії GO за допомогою
goana. Встановіть вид"Hs"для Homo sapiens.Перегляньте топ-20 збагачених категорій GO за допомогою
topGO. Встановіть аргументontologyу значення"BP", щоб отримати Biological Processes.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)
# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)