Створіть обʼєкт ExpressionSet

Керувати трьома різними наборами даних для одного експерименту незручно й ризиковано з погляду помилок, особливо коли потрібно щось відфільтрувати. Обʼєднайте 3 набори даних з експерименту з лейкемією в уніфікований обʼєкт за допомогою класу Bioconductor ExpressionSet.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Матриця експресії (x), дані про ознаки (f) і фенотипові дані (p) вже завантажені у ваш робочий простір.

Створіть новий обʼєкт ExpressionSet за допомогою функції ExpressionSet.
Передайте матрицю експресії в аргумент assayData.
Передайте датафрейм з фенотиповими даними в аргумент phenoData.
Передайте датафрейм з даними ознак у аргумент featureData.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Редагувати та запускати код