Візуалізуйте пакетні ефекти
В експерименті з нюховими стовбуровими клітинами було 7 обробок, по 4 реплікати кожна, разом 28 зразків. Однак ці 28 зразків опрацьовували в 4 окремих пакетах (batch). Ефект обробок цікавий з біологічної точки зору, а ефект пакетів є технічним шумом. Використайте зменшення розмірності, щоб визначити, який із цих двох ефектів мав більший вплив на дані експресії генів.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset з даними нюхових стовбурових клітин завантажено у ваш робочий простір.
Використайте
plotMDS, щоб побудувати графік головних компонент. Позначте зразки за отриманою обробкою та встановітьgene.selectionу значення"common".Повторно візуалізуйте головні компоненти, позначивши зразки за їхнім пакетом (batch).
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load package
library(limma)
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")
# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")