Збагачення шляхів
Щоб краще зрозуміти вплив диференційно експресованих генів у дослідженні доксорубіцину, ви перевірите збагачення відомих біологічних шляхів, зібраних у базі даних KEGG. Які шляхи KEGG є надмірно представленими серед диференційно експресованих генів для контрастів «dox_wt» та «interaction»?
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Підігнаний об'єкт моделі fit2 уже завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma теж завантажено.
Вилучіть entrez Gene IDs з датафрейму
fit2$genes.Перевірте збагачення шляхів KEGG за допомогою
keggaдля контрасту"dox_wt". Вкажіть вид"Mm"для Mus musculus.Перегляньте топ-5 збагачених шляхів KEGG за допомогою
topKEGG.Повторіть аналіз збагачення шляхів для контрасту
"interaction".
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)
# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)
# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)