ПочатиПочніть безкоштовно

Перевірка диференційної експресії для середніх по групах

Тепер, коли ви задали матрицю дизайну та матрицю контрастів, ви можете перевірити диференційну експресію.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset з даними про лейкемію, матриця дизайну (design) і матриця контрастів (cm) вже завантажені у ваш простір.

  • Оцініть коефіцієнти моделі за допомогою lmFit.

  • Застосуйте контрасти за допомогою contrasts.fit.

  • Обчисліть t-статистики за допомогою eBayes.

  • Підсумуйте результати за допомогою decideTests. Вам не потрібно робити підвибірку fit2, як у параметризації з контрастами лікування, тому що в моделі середніх по групах немає вільного члена (intercept).

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)
Редагувати та запускати код