Ящик з вусами для Top2b
Далі перевірка здорового глузду: побудуйте діаграму «ящик з вусами» для рівня експресії Top2b, щоб підтвердити, що у мишей з нокаутом рівні експресії Top2b нижчі.
Згадайте, що ви робили подібний графік у розділі 1, вправа 4.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset з даними про доксорубіцин завантажено у ваш робочий простір.
Знайдіть рядок, що містить дані Top2b, виконавши пошук у стовпці ознак
"symbol"за"Top2b".Створіть діаграму «ящик з вусами», використовуючи формульний запис. Рівень експресії має бути ліворуч від
~, а змінна генотипу — праворуч.Передайте рядок датафрейму ознак у параметр
main, щоб задати заголовок графіка.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])