Шляхи KEGG
Щоб полегшити інтерпретацію результатів диференційної експресії, часто перевіряють збагачення у відомих наборах генів. База даних KEGG містить укладені набори генів, що взаємодіють в одному біологічному шляху. Які шляхи KEGG є надмірно представленими серед диференційно експресованих генів у дослідженні лейкемії?
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт підгонки моделі з дослідження лейкемії з Розділу 2, fit2, уже завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma вже підключено.
Витягніть entrez Gene IDs із датафрейму
fit2$genes.Перевірте збагачені шляхи KEGG за допомогою
kegga. Встановіть вид"Hs"для Homo sapiens.Перегляньте топ-20 збагачених шляхів KEGG за допомогою
topKEGG.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)