Перевірка диференційної експресії

Тепер, коли ви визначили матрицю дизайну та матрицю контрастів, ви можете перевірити наявність диференційної експресії, зумовленої лікуванням доксорубіцином, у двох типів мишей.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset з даними про доксорубіцин, матриця дизайну design і матриця контрастів cm уже завантажені у ваш робочий простір. Пакет limma також завантажено.

Підберіть коефіцієнти моделі за допомогою lmFit.
Застосуйте контрасти за допомогою contrasts.fit.
Обчисліть t-статистики за допомогою eBayes.
Підсумуйте результати за допомогою decideTests і vennDiagram.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Редагувати та запускати код