Матриця контрастів для середніх по групах

Оскільки ви використовуєте параметризацію через середні по групах, у конвеєрі limma з'являється додатковий крок. Тепер коефіцієнти відповідають середньому рівню експресії для кожної з двох груп зразків, тож вам потрібно задати власний контраст, щоб перевірити відмінності між прогресуючими та стабільними лейкозами.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset із даними про лейкоз і матриця дизайну, яку ви щойно створили (design), завантажені у ваш робочий простір.

Використайте makeContrasts, щоб визначити контраст status, тобто різницю середнього рівня експресії між прогресуючими та стабільними пухлинами.
Передайте матрицю дизайну design в аргумент levels. Це дозволяє використовувати назви стовпців design (які відповідають коефіцієнтам) у визначеннях контрастів.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Редагувати та запускати код