Графік «вулкан»
Тепер ви візуалізуєте ступінь диференційної експресії для кожного контрасту за допомогою графіка «вулкан», який показує логарифмічні шанси диференційної експресії на осі y та логарифм змінення фолду на осі x.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт підгонки моделі fit2 уже завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma уже підключено.
Отримайте символи генів (
symbol) із датафреймуfit2$genes.Створіть графік «вулкан», який підсвічує топ-5 генів для кожного з 3 контрастів.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)