Матриця контрастів для факторного плану 2×2

У факторному плані 2×2 можна сформувати багато контрастів. Потрібно перевірити відмінності між типами дерева для кожної з водних умов, відмінності у відповіді на посуху для кожного з типів дерева, а також відмінності у відповіді на посуху між двома типами дерева (традиційно це називають ефектом взаємодії).

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset з даними Populus та матриця дизайну, яку ви щойно створили (design), вже завантажені у ваш робочий простір.

Створіть type_drought, щоб перевірити вплив типу дерева (NM6 проти DN34) за умови посухи.
Створіть water_dn34, щоб перевірити вплив посухи для дерев DN34.
Створіть член взаємодії, щоб перевірити відмінності у відповіді на посуху між двома типами дерева (підказка: порівняйте water_nm6 і water_dn34).

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Редагувати та запускати код