Матриця дизайну для моделі середніх по групах
У попередньому розділі ви перевірили дані лейкемії на диференціальну експресію, використовуючи традиційну параметризацію з контрастами лікування. Як перший крок до опанування гнучкішої параметризації середніх по групах, ви повторно перевірите дані лейкемії, щоб переконатися, що отримаєте ті самі результати.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними лейкемії вже завантажено у ваш робочий простір.
- Використайте
model.matrix, щоб створити матрицю дизайну без вільного члена. Нагадаємо, що змінна інтересу для цього дослідження (прогресуючі проти стабільних пухлин) міститься в стовпціDiseaseдатафрейма фенотипів.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)