Задайте лінійну модель для порівняння 2 груп
Щоб визначити диференційно експресовані гени для експерименту з лейкемією, вам потрібно перекласти таку лінійну модель мовою R:
де \(X_{1}\) дорівнює 1 для прогресуючих видів раку та 0 для стабільних (зауважте: R автоматично обирає базову умову за абетковим порядком).
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними про лейкемію вже завантажено у ваш робочий простір.
- Використайте
model.matrix, щоб побудувати матрицю дизайну з вільним членом (intercept) і коефіцієнтом, що позначає статус захворювання.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create design matrix for leukemia study
design <- ___(~___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)