Приберіть пакетні ефекти

У попередній вправі ви показали, що вплив партії мав більший внесок у варіацію, ніж вплив лікування. На щастя, дослідження нюхових стовбурових клітин було ідеально збалансованим, тобто кожне лікування було представлено в усіх 4 партіях. Отже, ви можете прибрати варіацію, внесену пакетною обробкою, щоб підвищити співвідношення сигнал/шум.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset з даними про нюхові стовбурові клітини завантажено у ваш робочий простір.

Використайте removeBatchEffect, щоб прибрати вплив 4 партій з даних.
Використайте plotMDS, щоб побудувати головні компоненти. Позначте зразки за отриманим лікуванням.
Повторно візуалізуйте головні компоненти, позначивши зразки за їхньою партією.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load package
library(limma)

# Remove the batch effect
exprs(eset) <- ___(eset, batch = ___)

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = ___, gene.selection = ___)

Редагувати та запускати код