ПочатиПочніть безкоштовно

Створіть boxplot за допомогою об'єкта ExpressionSet

Тепер, коли ви об'єднали всі експериментальні дані в один об'єкт ExpressionSet, зручніше робити підвибірки ознак та зразків. У цій вправі ви знову створите boxplot для візуалізації одного гена, але цього разу також обмежите зразки, які потрапляють на графік.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset уже завантажено у ваш робочий простір.

  • Зробіть підвибірку eset, залишивши лише перші 10 зразків (стовпців).

  • Створіть boxplot для 1000-го гена (тобто рядка) у eset_sub, використовуючи функції доступу exprs, pData та fData.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])
Редагувати та запускати код