Матриця контрастів

Щоб перевірити вплив доксорубіцину на серця мишей дикого типу та мишей із нокаутом Top2b (а також будь-яку взаємодію між лікуванням і генотипом), потрібно зіставити коефіцієнти з матриці дизайну.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Об'єкт ExpressionSet eset із даними про доксорубіцин і матриця дизайну design вже завантажені у ваш робочий простір. Пакет limma вже підключено.

Створіть dox_wt, щоб перевірити ефект доксорубіцину у мишей дикого типу.
Створіть dox_top2b, щоб перевірити ефект доксорубіцину у мишей із нокаутом Top2b.
Створіть член взаємодії, щоб перевірити відмінності у відповіді на доксорубіцин між двома типами мишей (підказка: зіставте dox_top2b і dox_wt).

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Редагувати та запускати код