Перевірка диференційної експресії між 2 групами
Тепер, коли у вас є об'єкт ExpressionSet і матриця дизайну, ви можете підігнати модель і виконати перевірку з пакетом limma.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними про лейкемію та матриця дизайну, яку ви щойно створили (design), уже завантажені у ваш робочий простір.
Підіженіть коефіцієнти моделі за допомогою
lmFit.Обчисліть t-статистики за допомогою
eBayes.Підсумуйте результати за допомогою
decideTests.Оскільки немає сенсу перевіряти вільний член, вкажіть коефіцієнт
"Diseasestable"під час запускуdecideTests.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)