Матриця дизайну для факторіального плану 2×2
У цьому факторіальному експерименті 2×2, щоб дослідити вплив посухи на ріст дерев, 2 різні типи тополі (Populus) вирощували з 2 різними обсягами води. Щоб мати по одному коефіцієнту моделі на групу, спершу потрібно об'єднати ці дві змінні.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset з даними Populus завантажено у ваш робочий простір.
Об'єднайте змінні
type(тип дерева) іwater(норма проти посухи) в одну факторну змінну.Використайте
model.matrix, щоб створити матрицю дизайну без вільного члена.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)