Перевірте джерела варіабельності
Далі потрібно застосувати аналіз головних компонент, щоб перевірити джерела варіабельності в даних. Чи групуються вибірки за генотипом (WT проти Top2b null) і обробкою (PBS проти Dox)?
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними про доксорубіцин завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma уже під'єднано.
Використайте
plotMDS, щоб побудувати головні компоненти. Позначте вибірки за їхнім генотипом.Повторно візуалізуйте головні компоненти, позначивши вибірки за їхньою обробкою.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")