Перевірка диференціальної експресії для 3 груп
Тепер, коли ви задали матрицю дизайну та матрицю контрастів, ви можете перевірити наявність диференціальної експресії.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset з даними про гіпоксію, матриця дизайну (design) і матриця контрастів (cm) вже завантажені у ваш робочий простір.
Оцініть коефіцієнти моделі за допомогою
lmFit.Застосуйте контрасти за допомогою
contrasts.fit.Обчисліть t-статистики за допомогою
eBayes.Підсумуйте результати за допомогою
decideTests.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)
# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)
# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)