Гістограма p-значень

Корисний діагностичний графік — це гістограма p-значень. Висока щільність малих p-значень свідчить про велику кількість диференційно експресованих генів; натомість рівномірно розподілена гістограма означає, що їх мало. Створіть гістограму p-значень для дослідження лейкемії.

Ця вправа є частиною курсу

Аналіз диференційної експресії з limma в R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Підігнаний обʼєкт моделі для дослідження лейкемії з Розділу 2, fit2, завантажено у ваш простір роботи. Пакет limma уже підключено.

Використайте topTable, щоб отримати підсумкові статистики для кожного гена.
Щоб отримати результати для кожного гена, встановіть аргумент number рівним кількості рядків у fit2.
Щоб вимкнути сортування результатів за рівнем значущості, встановіть аргумент sort.by у значення "none".
Використайте hist, щоб побудувати гістограму p-значень.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Редагувати та запускати код