Матриця контрастів для 3 груп
Щоб виявити гени з диференційною експресією між кожним із 3 рівнів кисню, потрібно визначити 3 попарні контрасти.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними про гіпоксію та матриця дизайну, яку ви щойно створили (design), завантажені у ваш робочий простір.
- Використайте
makeContrasts, щоб визначити 3 попарні контрасти. Пам'ятайте використовувати назви стовпців із матриці дизайну без лапок.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm