Матриця дизайну
Експеримент з доксорубіцином має факторний дизайн 2×2, тож вам потрібно створити об'єднану змінну для параметризації за груповими середніми.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними про доксорубіцин завантажено у ваш простір роботи.
Об'єднайте змінні
genotype(WT проти Top2b null) іtreatment(PBS проти Dox) в одну факторну змінну.Використайте
model.matrix, щоб створити матрицю дизайну без вільного члена (без перехоплення).
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)