Матриця дизайну для 3 груп
У експерименті з гіпоксією стовбурові клітини піддавалися дії трьох різних рівнів кисню: 1%, 5% і 21%. Щоб порівняти клітинні функції в цих трьох умовах, використайте параметризацію середніх груп і задайте лінійну модель з коефіцієнтом для кожного рівня кисню.
Ця вправа є частиною курсу
Аналіз диференційної експресії з limma в R
Інструкції до вправи
Об'єкт ExpressionSet eset із даними про гіпоксію вже завантажено у ваш робочий простір.
- Використайте
model.matrix, щоб створити матрицю дизайну без вільного члена. Пам'ятайте, що змінна, яка нас цікавить у цьому дослідженні (3 рівні кисню), міститься в стовпціoxygenдатафрейму фенотипів.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)