Гены, которые имеют значение
Выявление пиков ChIP-seq — важный шаг, однако сам по себе он не даёт полного представления о процессах внутри клетки.
В этом упражнении вы познакомитесь с тем, как геномные аннотации помогают интерпретировать результаты ChIP-seq. В сессии R для вас уже загружены два набора генов. Первый, ar_sets, содержит все гены, связанные с пиками в первичных опухолях и опухолях с резистентностью к лечению. Второй, db_sets, является подмножеством первого и включает только те гены, которые связаны с пиками, демонстрирующими признаки дифференциального связывания между двумя условиями.
Вы воспользуетесь функцией upset() из пакета UpSetR, чтобы визуализировать перекрытие между наборами генов для образцов первичных опухолей и опухолей с резистентностью к лечению.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Изучите полные наборы генов, хранящиеся в объекте
ar_sets. - Визуализируйте перекрытие между двумя группами с помощью функции
upset(). - Изучите гены с дифференциальным связыванием.
- Визуализируйте перекрытие дифференциально связанных пиков между двумя группами с помощью функции
upset().
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))