Вызовы пиков
Риды разбросаны по всему геному, однако участки, связанные с исследуемым белком, притягивают множество перекрывающихся ридов, образуя пики покрытия. Такие пики обычно записываются с указанием их геномных координат, а также оценки, отражающей силу наблюдаемого сигнала.
В R уже загружен набор вызовов пиков. Они хранятся в объекте GenomicRanges с именем peaks. Помимо стандартных функций для работы с объектами GenomicRanges, для вызовов пиков доступны две вспомогательные функции. Функция chrom позволяет узнать, на какой хромосоме расположен пик, а функция score — получить его оценку.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Выведите сводку по объекту
peaks. - С помощью функции
score()найдите индекс пика с наибольшей оценкой. - Извлеките геномные координаты этого пика, используя функции
chrom()иranges().
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___