Подробнее о путях
В этом упражнении вы сформируете URL, ведущий к пути, найденному в ходе анализа обогащения, и выделите гены с пиками ChIP-seq. Это позволит получить общее представление о том, как гены — а точнее, кодируемые ими белки — взаимодействуют друг с другом и с другими белками. Имея некоторый опыт, по такой схеме можно быстро выдвигать гипотезы о механизмах, объясняющих различия между группами в исследовании.
Общий формат этих URL выглядит следующим образом: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Вам нужно сформировать URL для отображения наиболее значимого пути из анализа обогащения с выделением генов, связанных с пиками. Объекты top_path и genes, созданные ранее, доступны в рабочей области.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Добавьте идентификатор пути в URL.
- Объедините идентификаторы генов в данном пути, связанных с пиками, в одну строку, разделив их символом
'+'. - Добавьте строку выбора генов в URL.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")