Подбор модели
Теперь вы готовы провести анализ дифференциального связывания. Он позволит определить, какие из пиков значимо различаются по интенсивности между двумя типами опухолей. Понимание того, какие пики различаются между группами, станет основой для дальнейшего анализа, направленного на выявление механизмов, лежащих в основе этих различий. Пока сосредоточимся на поиске дифференциально связанных пиков. Функция dba.analyze() из пакета DiffBind позволяет решить эту задачу. В предыдущем упражнении вы задали контраст для сравнения между типами опухолей. Используя объект с заданным контрастом, достаточно вызвать dba.analyze() — и она выполнит всю оставшуюся работу.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Изучите объект
ar_binding, чтобы убедиться, что он содержит необходимый контраст. - Запустите анализ дифференциального связывания.
- Изучите полученный результат.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)