Чтение BED-файлов
В этом упражнении вы загрузите данные о пиках из BED-файла и используете информацию об их расположении, чтобы извлечь из BAM-файла риды, перекрывающиеся с этими пиками.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Используйте функцию
import.bed, чтобы загрузить данные о пиках из chr20_peaks. - На основе этих данных создайте объект
BamViewsдля chr20_bam. - Загрузите риды, перекрывающиеся с найденными пиками.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)