Настройка модели
Прежде чем запустить фактическое сравнение между группами, необходимо указать DiffBind, как выборки распределены по этим группам. Проще всего воспользоваться одной из предустановленных категорий, которые DiffBind присваивает выборкам. Среди них есть часто используемые группировки — например, условие или ткань, соответствующие каждой выборке. Нужную категорию можно задать через аргумент categories, используя такие константы, как DBA_CONDITION и DBA_TISSUE. Полный список доступных констант приведён на странице справки для dba.contrast().
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Изучите объект
ar_binding. - Определите категорию, соответствующую условиям первичной опухоли (primary) и устойчивости к лечению (TURP).
- Задайте контраст для сравнения двух типов опухолей.
- Изучите объект
dba_peaks, чтобы убедиться, что контраст был добавлен.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)