MA-график
MA-график визуализирует различия между двумя группами относительно средней интенсивности сигнала. Это позволяет оценить возможные смещения в данных. Как правило, большинство интенсивностей пиков не должны меняться между условиями. Это означает, что точки на графике должны группироваться вокруг горизонтальной линии на уровне 0, соответствующей отсутствию изменений. MA-графики также удобны для быстрой визуальной оценки масштаба различий между группами.
Как и другие функции визуализации, которые вы использовали ранее, DiffBind предоставляет функцию dba.plotMA() для построения MA-графиков. Она извлекает всю необходимую информацию непосредственно из объекта DBA.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Используйте функцию
dba.plotMA(), чтобы построить MA-график. - Изучите полученный график. Обратите внимание на то, как выделены значимые различия.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create an MA plot
___(ar_diff)