Пики и фон
Теперь пора сравнить распределение покрытия для пиков, чёрных списков регионов и фона. В этом упражнении вы будете работать с данными по хромосоме 5.
Бинированные количества ридов для пиков, регионов чёрного списка и фона доступны в виде peak_bins, bl_bins и bkg_bins соответственно. Столбец score содержит количества ридов.
Загрузка всех необходимых данных и пакетов R может занять некоторое время. Пожалуйста, подождите.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Подготовьте количества ридов для построения графика, организовав их в виде датафреймов.
- Объедините три датафрейма с помощью
rbind(). - Постройте диаграмму размаха (boxplot) количеств ридов по типу бина.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()