Фильтрация ридов
В этом упражнении вы продолжите очищать данные — на этот раз удалите риды с низким качеством выравнивания. Для этого нужно загрузить показатели качества выравнивания из BAM-файла. Они хранятся в поле mapq.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Загрузите
readsс информацией о качестве выравнивания для каждого рида. - Определите все выравнивания с качеством не ниже 20.
- Постройте диаграмму размаха, сравнивающую распределения качества выравнивания между группами высокого и низкого качества.
- Удалите все выравнивания низкого качества.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))
# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___
# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")
# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)