Объединение пиков
Прежде чем перейти к аннотированию вызовов пиков, полезно разобраться, как получить объединённый набор пиков, включающий вызовы из всех образцов. Пакет ChIPpeakAnno предоставляет для этой цели функцию findOverlapsOfPeaks(). Она позволяет объединять наборы пиков, представленные в виде GenomicRanges, из до пяти образцов.
Перед использованием этой функции необходимо извлечь информацию о вызовах пиков из объекта ChIPQCexperiment, созданного ранее. Координаты пиков можно получить с помощью функции peaks(). Обратите внимание: она вернёт вызовы пиков для всех образцов, включая те, которые не прошли контроль качества. Вектор с индексами образцов, отобранных для дальнейшего анализа на этапе контроля качества, доступен как qc_pass.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Извлеките пики из объекта ChIPQCexperiment.
- Исключите все образцы, не прошедшие контроль качества.
- Найдите перекрытия между наборами пиков с помощью функции
findOverlapsOfPeaks(). - Изучите объединённый набор пиков, доступный в элементе
mergedPeaks.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)