Вычисление покрытия
Теперь пришло время расширить риды до средней длины фрагмента, чтобы получить более точную оценку покрытия. Расширение ридов позволяет объединить риды с обоих концов фрагмента в единый пик покрытия — это помогает отличить пики от фонового шума.
BAM-файл для образца GSM1598218, который вы будете использовать в этом упражнении, уже загружен. Средняя длина фрагмента для этого образца составляет 183 п.н. Риды доступны в виде объекта GRanges с именем reads_gr.
Загрузка всех необходимых данных и пакетов R может занять некоторое время. Пожалуйста, подождите.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Расширьте риды до средней длины фрагмента.
- Вычислите покрытие фрагментов.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)