Чтение BAM-файлов

Для начала вы загрузите выровненные риды из BAM-файла в R. Эти файлы хранят информацию о выравнивании последовательностей ридов относительно референсного генома в сжатом бинарном формате. Загрузка данных из BAM-файлов — стандартная задача при анализе геномных данных.

В этом упражнении вы сначала загрузите все риды из BAM-файла целиком. Это несложно, однако может потребовать значительного объёма памяти. Поэтому во второй части вы научитесь загружать только риды из интересующей вас области.

Это упражнение является частью курса

ChIP-seq с Bioconductor в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Загрузите риды из файла chr20_bam с помощью функции readGAlignments().
Создайте объект BamViews для файла chr20_bam, охватывающий область 29805000 – 29820000 на хромосоме 20.
Используйте readGAlignments() повторно, чтобы загрузить только риды из этого представления.
Изучите объект reads_sub с помощью функции str().

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Редактировать и запускать код