Обобщение различий в связывании белков
Последний график дифференциально связанных пиков в этом уроке — ящичная диаграмма. Этот тип визуализации удобен для обобщения распределения интенсивностей пиков в каждой выборке. DiffBind предоставляет для этой цели функцию dba.plotBox(). Ящичные диаграммы наглядно показывают положение медианы в разных группах, а также разброс данных вокруг неё. График, создаваемый DiffBind, сравнивает две группы (первичная опухоль и опухоль, устойчивая к лечению), а также подгруппы дифференциально связанных пиков. Помимо самого графика, dba.plotBox() также возвращает p-значения для попарных сравнений между этими группами.
Как и прежде, результаты анализа дифференциального связывания доступны в объекте ar_diff.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Постройте ящичную диаграмму интенсивностей пиков.
- Изучите возвращённые p-значения. Какие наборы пиков значимо отличаются друг от друга?
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)