Детальное отображение региона
Теперь ваша очередь построить геномный регион с помощью Gviz. Все данные в этом упражнении получены с хромосомы 20 одного образца. Идеограмма хромосомы 20 уже создана и доступна как ideogram. Картированные ридов уже преобразованы в данные о покрытии и доступны в виде объекта GRanges с именем cover_ranges. Пиковые вызовы в отображаемом регионе хранятся в объекте peak_calls.
Загрузка всех необходимых данных и пакетов R может занять некоторое время. Пожалуйста, подождите.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Создайте треки аннотаций для пиковых вызовов.
- Создайте трек данных для покрытия ридов.
- Отобразите график, расположив элементы сверху вниз: идеограмма, трек покрытия, трек пиковых вызовов и ось геномных позиций.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)