Удаление blacklist-регионов
Выявление и удаление пиков в blacklist-регионах — важный этап подготовки данных к дальнейшему анализу. В этом упражнении мы используем blacklist из пакета ChIPQC. Он также доступен непосредственно на сайте ENCODE.
Для выполнения упражнения вызовы пиков доступны в переменной peaks, данные покрытия — в cover, а blacklist-регионы — в blacklist.hg19. Здесь пригодится функция findOverlaps(). Концепция перекрывающихся регионов уже встречалась вам во вводном курсе по Bioconductor — в этой главе мы вернёмся к ней снова.
Загрузка всех необходимых данных и пакетов R может занять некоторое время. Пожалуйста, подождите.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Найдите все перекрытия между пиками и blacklist-регионами.
- Постройте график покрытия ридами, вызовов пиков и blacklist-регионов с помощью Gviz.
- Удалите все blacklist-пики.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]